鹏城实验室园区由过渡性场地园区、石壁龙永久园区和科学装置园区三部分组成。

一、过渡性场地园区

实验室过渡性场地位于南山区留仙洞总部基地，满足过渡时期人员科研办公场地需求。

二、永久园区

实验室永久园区位于南山区西丽湖国际科教城石壁龙重点片区。

三、科学装置园区

科学装置园区位于光明区光明科学城，预计2025年建成。